Dakhlan, A. and Santosa, Purnama Edy and Kurniawati, Dian (2022) Kajian Asosiasi Genome dengan Sifat Bernilai Ekonomi Tinggi untuk Meningkatkan Produktivitas Kambing Saburai dengan Cepat. Universitas Lampung.

Preview

Text Kontrak Penelitian Dasar_Dikti dan Penelitian Profesorship_BLU_Unila_compressed.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Genome Wide Association Study (GWAS) mempelajari hubungan antara polimorfisme nukleotida tunggal (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) dan sifat-sifat seperti bobot badan pada kambing. Bobot badan (BB) merupakan kriteria seleksi yang sangat penting dan bernilai ekonomi tinggi dalam produksi kambing karena BB sangat berkorelasi dengan produksi daging. Tahun 1, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi lokasi genome (genomic regions) dan kandidat gen yang memberikan kontribusi pada peningkatan bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh (panjang badan, tinggi pundak dan lingkar dada) kambing Saburai. Tahun 2, penelitian ini bertujuan untuk melakukan genomic selection terhadap kambing Saburai berdasarkan nilai GEBV (Genomic Estimated Breeding Value). Tahun 3, penelitian bertujuan untuk mengevaluasi respon seleksi. Pada tahap awal kami menggunakan 100 kambing Saburai jantan dan betina dewasa (sekitar 1,5-2 tahun). Sifat fenotip (bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh) dianalisis secara mixed model dengan metode animal model menggunakan perangkat lunak WOMBAT (1) untuk mendapatkan Estimated Breeding Value (EBV) bobot badan dan ukuran tubuh kambing. Data residual dari analisis mixed model untuk masing-masing individu akan digunakan untuk studi asosiasi (GWAS). Individu kambing yang digunakan dalam penelitian ini akan digenotipe menggunakan Illumina Goat SNP52 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). Regresi residual bobot badan terhadap SNP akan dilakukan secara individual menggunakan model linier. Nilai ambang atau threshold value (P < 0,01 / 52K) akan ditetapkan untuk signifikansi GWAS dengan menerapkan koreksi Bonferroni. Annotasi SNP akan menggunakan LWLT01 genome versi Capra hircus yang disediakan oleh The National Center for Biotechnology Information (NCBI). Ada empat studi asosiasi (GWAS) pada penelitian ini, yaitu asosiasi gen-gen dengan bobot badan, panjang badan, tinggi pundak dan lingkar dada. Luaran yang ditargetkan pada tahun pertama sampai tahun ketiga, masing-masing adalah publikasi jurnal internasional bereputasi (Q3-Q1). TKT pada penelitian ini berada pada level 3 dengan target level 4, teknologi GWAS dan genomic selection sudah diaplikasikan pada ternak sapi, ayam, dan domba, dan hasilnya sangat akurat meningkatkan produktivitas ternak dengan cepat. Pada penelitian ini, kami akan mencari SNP dan gen yang berkontribusi dalam peningkatan BB dan ukuran-ukuran tubuh kambing Saburai, dan menggunakan informasi marker ini untuk penerapannya pada seleksi kambing Saburai berdasarkan genetiknya (GEBV, Genomic Estimated Breeding Value). Hasil penelitian tahun 1 menunjukkan bahwa terdapat 7, 5, dan 24 SNP yang signifikan berasosiasi atau berhubungan dengan berat lahir, berat sapih, dan berat umur setahun. SNP yang paling signifikan yang terkait dengan ketiga sifat tersebut adalah snp14750-scaffold1594-1124587 (P = 2.97 × 10−12), yang terletak pada 43.56 Mb pada kromosom 19. Ada 24 gen kandidat (misalnya, HDAC5, PCDH15, C15H11orf8 , ARID1B , BEND4, CEP85L, dan DDX43) diidentifikasi yang mungkin berkontribusi pada variasi sifat berat badan. Hasil kami memberikan informasi biologis yang berguna untuk peningkatan kinerja pertumbuhan dan dapat digunakan untuk aplikasi seleksi genom pada kambing Saburai. Kata kunci: GWAS; bobot badan; kambing Saburai; seleksi genomik

Item Type:	Other
Subjects:	S Agriculture > SF Animal culture
Divisions:	Fakultas Pertanian (FP) > Prodi Peternakan
Depositing User:	Dr. Akhmad Dakhlan
Date Deposited:	03 Apr 2023 09:41
Last Modified:	03 Apr 2023 09:41
URI:	http://repository.lppm.unila.ac.id/id/eprint/49586

Available Versions of this Item

• Kajian Asosiasi Genome dengan Sifat Bernilai Ekonomi Tinggi untuk Meningkatkan Produktivitas Kambing Saburai dengan Cepat. (deposited 03 Apr 2023 09:41) [Currently Displayed]
  • Kajian Asosiasi Genome dengan Sifat Bernilai Ekonomi Tinggi untuk Meningkatkan Produktivitas Kambing Saburai dengan Cepat. (deposited 12 Apr 2023 07:41)

Actions (login required)

View Item